Pyélonéphrite et infection urinaire compliquée

• Grossesse et pédiatrie : hors de cette fiche.
• Personne âgée : la confusion seule ou l’urine trouble ne suffisent pas ; chercher fièvre, douleur lombaire ou sus-pubienne, rétention.

Critères d’hospitalisation

• Sepsis, instabilité, hypotension, lactate élevé.
• Vomissements, incapacité de prendre la voie orale ou déshydratation.
• IRA, rein unique, obstruction ou lithiase, sonde avec signes systémiques.
• Immunosuppression importante, diabète mal contrôlé.
• Échec d’un traitement oral à 48–72 h, germe résistant sans option orale (BLSE).
• Âgé fragile, isolement social, observance incertaine.

Cultures

• Culture d’urine : significative à ≥ 10⁷ UFC/L (10⁴ UFC/mL) en pyélonéphrite ; souvent ≥ 10⁸ UFC/L ailleurs ; culture polymicrobienne : contamination probable, sauf sonde chronique.
• Hémocultures : positives chez environ 20–30 % des pyélonéphrites hospitalisées ; elles ne changent pas la durée si l’évolution est favorable (7 j, voir la Fiche Bactériémie à Gram négatif et candidémie).
• S. aureus dans l’urine sans sonde : penser à une bactériémie avec ensemencement rénal ; hémocultures (voir la Fiche Endocardite et bactériémie à S. aureus).

Imagerie

Empirique (adulte hospitalisé)

⚠️ Recommandation actuelle (INESSS, 2023) : la pyélonéphrite se traite selon la culture ; le choix empirique tient compte des cultures antérieures et de la résistance locale de E. coli. Le guide local d’antibiothérapie (2023) précise les schémas hospitaliers ci-dessous.

• Germes à couvrir : entérobactéries (E. coli, Klebsiella, Proteus), Enterococcus spp. ; sepsis nosocomial : + P. aeruginosa ; BLSE selon les cultures antérieures.

• Facteurs de risque de BLSE : BLSE isolée dans les 6–12 derniers mois, antibiotique à large spectre récent, hospitalisation ou CHSLD, sonde chronique, voyage récent en Asie du Sud.

• Pipéracilline-tazobactam et BLSE : inférieur au méropénem dans la bactériémie à E. coli ou Klebsiella résistants à la ceftriaxone (essai MERINO) ; préférer un carbapénème pour une infection grave.
• Nitrofurantoïne et fosfomycine : jamais pour une pyélonéphrite ni une IU fébrile (concentrations tissulaires insuffisantes).
• Ajustement rénal (guide local) : ceftriaxone aucun ; tobramycine 5 mg/kg q24h si ClCr ≥ 60, 3,5 mg/kg q24h si 40–59, 5 mg/kg q48h si 20–39, posologie traditionnelle selon dosages si < 20 ; ampicilline q8h si ClCr 30–49, q12h si 10–29 ; céfépime 2 g q12h si ClCr 30–49, q24h si 10–29 ; carbapénèmes, pipéracilline-tazobactam, FQ et TMP-SMX : voir plus haut et ci-dessous.

Relais PO et durées

• Relais PO dès l’amélioration, l’apyrexie (24–48 h) et la tolérance orale, selon l’antibiogramme (voir la Fiche Relais oral et durée des antibiotiques).

⚖️ Divergence entre lignes directrices (guide local 2023 et INESSS vs IDSA 2025) : l’INESSS et le guide local gardent 10–14 j pour une bêta-lactamine orale donnée d’emblée (externe) ; pour la pyélonéphrite hospitalisée, le guide local prévoit 7–10 j au total, relais PO compris (TMP-SMX, ciprofloxacine, amoxicilline-clavulanate ou céfixime) ; l’IDSA 2025 propose 7 j avec tout agent efficace (5–7 j avec une FQ) chez le patient qui s’améliore, bactériémie comprise. On suit le guide local : 10–14 j pour une bêta-lactamine PO d’emblée, 7–10 j au total après un début IV ; 7 j sont acceptables avec une FQ ou du TMP-SMX.

⚖️ Divergence entre lignes directrices (IDSA 2025 vs essais chez l’homme) : l’IDSA n’établit pas de durée propre à l’homme ; un essai chez des hommes afébriles appuie 7 j, tandis qu’un essai chez des hommes fébriles sous ofloxacine a montré plus d’échecs avec 7 j qu’avec 14 j. On suit 7 j si l’homme est afébrile ou répond vite, 14 j s’il est fébrile avec atteinte prostatique possible.

Situations particulières

• IU sur sonde : retirer la sonde si elle n’est plus indiquée ; sinon la changer si elle est en place depuis > 2 semaines, et prélever sur la sonde neuve. Voir la Fiche Sonde urinaire.
• Obstruction infectée (calcul, tumeur, sténose) : urgence ; drainage par sonde urétérale double J (urologie) ou néphrostomie percutanée (radiologie interventionnelle), selon la disponibilité et la stabilité. Pas de lithotripsie ni d’extraction en phase septique.
• Abcès rénal : petit abcès, antibiotique seul ; volumineux ou sans réponse, drainage percutané.
• Prostatite aiguë (guide local) : sans facteur de risque d’ITS, ciprofloxacine 500 mg PO bid × 10–14 j ou TMP-SMX DS PO bid (bonne pénétration prostatique) ; facteurs de risque d’ITS (≤ 35 ans, HARSAH, relations à risque) : couvrir aussi N. gonorrhoeae et C. trachomatis selon les lignes directrices ITSS de l’INESSS ; pas de massage prostatique ; abcès prostatique si fièvre persistante. Germes à couvrir : entérobactéries (± N. gonorrhoeae, C. trachomatis).
• Bactériurie asymptomatique : ne pas traiter, y compris chez l’âgé, le diabétique et le porteur de sonde ; exception : avant une manœuvre urologique avec atteinte de la muqueuse.

💡 Perle clinique : une pyélonéphrite qui ne s’améliore pas à 72 h ne demande pas d’abord un antibiotique plus large, mais une imagerie à la recherche d’une obstruction ou d’un abcès.

💡 Perle clinique : une infection en amont d’une obstruction se draine : fièvre + hydronéphrose → urologie ou radiologie interventionnelle le jour même.

• Congé : afébrile, tolère la voie orale, culture connue et relais PO actif ; ordonnance avec les jours restants et la date d’arrêt.
• Pas de culture de contrôle si les symptômes disparaissent (sauf grossesse, hors fiche).
• Revoir si fièvre au-delà de 72 h de traitement efficace, récidive ou douleur lombaire nouvelle.
• Homme ou récidive : échographie rénale et vésicale, résidu postmictionnel ; prostate selon l’âge.
• Lithiase traitée par sonde double J : la date de l’extraction ou du traitement définitif doit être planifiée avec l’urologie (sonde oubliée = complication).
• Sonde chronique : revoir l’indication ; envisager le cathétérisme intermittent.

• Traiter une bactériurie asymptomatique chez l’âgé confus : effets indésirables, C. difficile, résistance, et la vraie cause du délirium est manquée.
• Cultiver la sonde ancienne : on cultive le biofilm, pas l’infection.
• Ciprofloxacine empirique quand la résistance locale de E. coli est élevée ou après une FQ récente : échec fréquent ; attendre l’antibiogramme.
• Nitrofurantoïne pour une IU fébrile ou une pyélonéphrite : inefficace.
• Lévofloxacine ou ciprofloxacine chez l’âgé : QT, tendinopathie, delirium, hypoglycémie ; préférer une autre molécule si possible.
• Candida dans l’urine d’un patient sondé : colonisation le plus souvent ; changer la sonde avant de traiter.

• Fiche Infection urinaire et cystite (cystite, bactériurie asymptomatique, pyélonéphrite externe).
• Fiche Sonde urinaire.
• Fiche Lithiase urinaire.
• Fiche Sepsis.
• Fiche Bactériémie à Gram négatif et candidémie.
• Fiche Relais oral et durée des antibiotiques.

• INESSS. Guide d’usage optimal — Infection urinaire chez les personnes de 14 ans et plus. 2023.
• Guide d’utilisation des antibiotiques, guide local d’antibiothérapie, 7e éd., 2023 (infection urinaire adulte ; monographies ; ajustements en insuffisance rénale).
• INESSS. Infections urinaires — sommaire des protocoles médicaux nationaux. 2023.
• IDSA. Complicated Urinary Tract Infections in Adults (2025) — résumé des recommandations (empirique selon la gravité, relais PO, 7 j non-FQ, 5–7 j FQ, bactériémie 7 j). Guideline Central, 2025.
• Hooton TM, Bradley SF, Cardenas DD et coll. Diagnosis, prevention, and treatment of catheter-associated urinary tract infection in adults: 2009 international clinical practice guidelines from the IDSA. Clin Infect Dis 2010;50(5):625–663.
• Harris PNA, Tambyah PA, Lye DC et coll. Effect of piperacillin-tazobactam vs meropenem on 30-day mortality for patients with E. coli or Klebsiella pneumoniae bloodstream infection and ceftriaxone resistance (MERINO). JAMA 2018;320(10):984–994.
• Drekonja DM, Trautner B, Amundson C et coll. Effect of 7 vs 14 days of antibiotic therapy on resolution of symptoms among afebrile men with urinary tract infection. JAMA 2021;326(4):324–331.
• Sheppard DC. Short-course antibiotic therapy: the next frontier in antimicrobial stewardship. Relevé des maladies transmissibles au Canada (ASPC) 2022;48(11/12). doi:10.14745/ccdr.v48i1112a01
• MSSS. Grilles provinciales de priorisation des demandes de consultation spécialisée (CRDS) — Urologie, Microbiologie médicale et infectiologie.